Планово-финансовый отдел (ПФО)
Группа кадров и специальных работ (ГКиСР)
Отдел гидрометеорологического обслуживания (ОГМО)
Отдел гидрометеорологических наблюдений (ОГМН)
Лаборатория мониторинга загрязнения атмосферного воздуха (ЛМА)
Информационно-технический отдел (ИТО)
Рыбинская гидрометеорологическая обсерватория им. М. А. Рыкачева (РГМО)